L’intérieur du Jikido est orné d’une série de peintures murales de 50 mètres de long réalisée par Toshio Tabuchi (né en 1941), célèbre peintre Nihonga et professeur émérite de l’Université des arts de Tokyo. Alors que les peintures d’Ikuo Hirayama à l’intérieur du complexe de Genjo Sanzoin illustrent des scènes du périple de 17 ans de Genjo de la Chine vers l’Inde à la recherche d’écritures bouddhiques sacrées, celles de Tabuchi (un élève d’Hirayama) retracent le voyage du bouddhisme de la Chine vers le Japon.
Au centre de la série se trouve la représentation principale du pavillon, la triade d’Amida. Amida est le Bouddha céleste qui fait le vœu d’apparaître, accompagné de ses bodhisattvas assistants, au moment de la mort de quiconque l’invoque avec foi.
La série, intitulée « Le Yakushi-ji et l’arrivée du bouddhisme », commence en Chine et dépeint des moines japonais, partis y étudier le bouddhisme, à bord d’un bateau les ramenant au Japon. Ils atteignent finalement Fujiwara-kyo, l’ancienne capitale japonaise où le Yakushi-ji a été initialement construit : l’une des peintures illustre ce à quoi le temple aurait pu ressembler à cette époque. La dernière peinture représente Heijo-kyo, où la capitale et le temple ont été transférés il y a environ 1 300 ans. On y trouve également une peinture représentant la Grande pagode de l’oie sauvage à Xi’an (anciennement Chang’an), point de départ du périple de 17 ans de Genjo et de la série de peintures d’Hirayama à l’intérieur du complexe de Genjo Sanzoin.
Le Jikido et ses peintures ne sont accessibles au public qu’à des occasions spéciales.