Juste à l’extérieur de la porte sud du Yakushi-ji se trouve le Yasumigaoka Hachimangu, un sanctuaire dédié à la divinité Hachiman, protecteur divin du Japon et divinité tutélaire des guerriers. Les divinités du sanctuaire sont réputées veiller sur le temple et le protéger. Le sanctuaire actuel, composé d’un pavillon principal et de pavillons annexes nord et sud, construits sur une plate-forme de pierres empilées, a été édifié en 1603.
Le terme « yasumi » dans le nom du sanctuaire signifie « repos ». Selon la légende, le sanctuaire d’origine a été achevé au IXe siècle comme lieu de repos pour la divinité Hachiman d’Usa (dans l’actuelle préfecture d’Oita), où se trouve le sanctuaire principal de tous les sanctuaires Hachiman du Japon. On raconte qu’en 807, Hachiman s’est arrêté ici en route pour le Daian-ji, un autre des sept grands temples de Nara, où sa statue a par la suite été consacrée. Une autre légende raconte que Hachiman, jusqu’alors inconnu, se serait reposé ici en se rendant à la cérémonie d’« ouverture des yeux » du Grand Bouddha du Todai-ji (752), dont il est le protecteur divin.
Hachiman est vénéré à la fois dans le shintoïsme et le bouddhisme, et la présence du sanctuaire qui lui est dédié à côté du Yakushi-ji illustre la façon dont le bouddhisme au Japon a coexisté pacifiquement avec le culte des divinités indigènes connues sous le nom de kami. En effet, depuis des siècles, les habitants des cinq villages qui entourent le Yakushi-ji se réunissent chaque mois de juillet dans un autre sanctuaire situé à côté du pavillon Toindo du Yakushi-ji. Ici, au Ryuosha, une cérémonie est organisée pour invoquer la protection de Ryu, le kami serpent/dragon également connu comme la divinité de l’eau, et par conséquent protecteur des villageois cultivant des denrées telles que le riz. Un deuxième festival est organisé en septembre dans l’enceinte du Yasumigaoka Hachimangu pour remercier la divinité résidente d’avoir offert de bonnes récoltes. Ainsi, le syncrétisme des divinités shintoïstes, ainsi que des divinités et bodhisattvas bouddhiques au Yakushi-ji, assure la protection non seulement du temple, mais aussi des villageois.