À l’intérieur du Daikodo se trouvent deux chaires servant de pupitres, où les moines se font face lors de discussions et de débats, leurs voix étant amplifiées par les hauts plafonds du pavillon. L’école Hosso a pour longue tradition de privilégier l’étude par rapport à d’autres pratiques bouddhistes telles que la méditation, faisant du Daikodo une composante intrinsèque et importante du Yakushi-ji.
Parmi les sujets débattus figuraient les enseignements de l’école de philosophie et de psychologie Yogacara, qui a prospéré aux débuts du bouddhisme mahayana indien. Le Yogacara fut introduit au Japon en 654 par Dosho, un moine japonais qui avait étudié en Chine sous la tutelle du maître Yogacara Xuanzang, qui avait lui-même étudié en Inde. Au Japon, l’école Yogacara est-asiatique de la « Conscience seule » est connue sous le nom de « Hosso », et sa doctrine selon laquelle tous les phénomènes sont en fin de compte des manifestations de l’esprit joue un rôle central dans les enseignements de l’école Hosso. Chaque mois d’avril, une reconstitution de ces débats, tels qu’ils se seraient déroulés à l’époque de Nara, a lieu lors d’un office bouddhiste connu sous le nom de Saisho-e.
Le Daikodo est également le lieu d’un examen passé chaque mois de novembre par le clergé du Yakushi-ji, qui doit apprendre par cœur environ deux heures de discussion doctrinale, qu’il étudie sur une période de 21 jours.
Sont également exposées dans le pavillon les statues des dix grands disciples du Bouddha Shakyamuni réalisées par le sculpteur Shin’ya Nakamura (né en 1926). Ces dix disciples ont atteint l’éveil, et les sculptures représentent les difficultés à s’éveiller tout en montrant qu’avec des efforts et de l’endurance, même les personnes ordinaires peuvent y parvenir.