À l’intérieur du Kondo (littéralement, le pavillon principal) se trouve le principal objet de culte du Yakushi-ji, la triade Yakushi, composée de Yakushi Nyorai, le Bouddha de la médecine, flanqué de deux assistants, les bodhisattvas Nikko et Gakko. La triade a été consacrée en 697 par l’impératrice Jito, qui a supervisé l’achèvement du Yakushi-ji à la suite de la mort de son mari, l’empereur Tenmu, en 686. Il était de coutume, parmi l’élite de la société, de prier le Bouddha Yakushi lorsque la maladie les frappait, eux ou des membres de leur famille. Ironie du sort, l’empereur Tenmu avait initialement conçu le temple pour prier pour son épouse malade, mais celle-ci lui survécut et acheva finalement sa construction.
Les objets de culte en bois étaient rares au Japon à l’époque de la construction du Yakushi-ji, et la triade Yakushi est fabriquée à partir d’un total de 20 tonnes de bronze qui était à l’origine doré (d’où le nom du bâtiment dans lequel elle se trouve). De plus, les colliers et autres accessoires décorant les statues devaient être incrustés de pierres précieuses colorées. Les incendies et autres catastrophes ont dépouillé la triade de ces ornements resplendissants, mais elle demeure néanmoins dans un état presque intact et a été désignée trésor national.
L’effigie du Bouddha Yakushi, qui mesure 2,55 mètres de hauteur, a été largement saluée pour l’élégance de sa posture, sa symétrie et l’esthétique de ses traits. Okakura Tenshin (1863-1913), érudit japonais et auteur du Livre du thé, a fait remarquer un jour que ceux qui n’ont pas encore vu le Bouddha de la médecine au Yakushi-ji ont de la chance « car ils ont l’opportunité de le voir pour la première fois ».