금당 내부에는 야쿠시지 절(藥師寺)의 본존인 약사삼존상이 안치되어 있습니다. 처음에 야쿠시지 절을 창건하려던 제40대 덴무 천황(?~686)이 뜻을 이루지 못하고 사망하자, 697년에 그의 유지를 이어받은 황후 지토 천황이 약사삼존상을 봉납했습니다. 중앙에는 치유의 부처인 약사여래가 앉아 있고, 그의 양 옆에는 약사여래를 보좌하는 일광보살과 월광보살이 서 있습니다.
야쿠시지 절 창건 당시에 나무로 만들어진 불상은 일본에서는 거의 볼 수 없었습니다. 약사삼존상은 총 20톤의 청동으로 만들어졌는데, 원래는 도금 가공된 상태였습니다. 또한 목걸이 등의 장식품에는 형형색색의 다채로운 보석이 다수 사용되었습니다. 화재와 여러 재난으로 인해 본래 가지고 있던 화려한 특징은 사라지고 말았지만, 그럼에도 대부분이 온전한 상태로 남아 있다는 점 때문에 약사삼존상은 국보로 지정되었습니다.
높이 2.55m의 약사여래상은 특유의 우아한 자세와 균형성, 그리고 매력적인 아름다움으로 널리 칭송받고 있습니다. 일본의 저명한 사상가였던 오카쿠라 덴신(1863~1913)은 ‘야쿠시지 절의 약사여래상을 아직 본 적이 없는 사람은 처음으로 볼 기회가 있을 테니 운이 좋다’고 말했다고 합니다.