Cette pierre est gravée de lignes représentant l’empreinte des pas du Bouddha Shakyamuni, qui fut l’un des principaux objets iconiques vénérés dans les premières années du bouddhisme. Aujourd’hui, il est de coutume de prier devant des représentations du Bouddha lui-même, mais ce ne fut pas le cas pendant plusieurs centaines d’années après que le Bouddha eut atteint le Nirvana. Le bouddhisme consistait alors principalement en l’étude et la pratique des enseignements de Shakyamuni concernant la méditation et les préceptes pour la vie quotidienne. Les fidèles auraient craint de créer des représentations du Bouddha. La création et la vénération de telles représentations furent une pratique bien plus tardive. À la place, on réalisait des gravures sur pierre, par exemple de l’empreinte du Bouddha, destinées à servir de rappel concret du fait qu’il avait vécu sur cette terre.
Selon une inscription sur la pierre du Yakushi-ji, cette empreinte était une copie de celle d’un temple situé dans l’actuelle Xi’an, en Chine, qui à son tour avait été copiée d’une autre conservée dans l’ancien royaume indien de Magadha, où le Bouddha aurait vécu une grande partie de sa vie. Elle révèle également que ce fut un émissaire japonais auprès de la dynastie chinoise des Tang (618-907), Kibumi no Honjitsu, qui en fit un estampage et l’apporta à Nara. Là, elle fut gravée dans la pierre à la demande de Funya no Mahitochinu (693-770), un petit-fils de l’empereur Tenmu, fondateur du Yakushi-ji, en mémoire de la défunte épouse de Funya, Manta no Kori no ou. Elle est datée de 753, ce qui en fait la plus ancienne des quelque 300 pierres similaires que l’on peut trouver au Japon.
Selon l’inscription, cette empreinte provient de l’endroit où le Bouddha Shakyamuni se tenait lorsqu’il est entré au Nirvana. L’empreinte porte des symboles et des signes de bon augure qui lui sont liés, et l’on croyait que sa simple vue avait le pouvoir de laver les péchés des fidèles.